A diferencia de las malformaciones craneofaciales, las malformaciones cerebrales involucran al cerebro. Estas pueden tener su origen y aparición en estados previos al nacimiento de un bebé, por ejemplo, a causa de un daño en el sistema nervioso durante su gestación o por culpa de algún medicamento, infección o radiacción sufrido por la madre durante su embarazo. Una malformación cerebral se fundamenta en el crecimiento anormal de zonas del cerebro o ausencias de la misma. El tratamiento es variado y complejo en función de la malformación, siendo fundamental la experiencia del equipo del Dr. Manuel García Fantini en estos casos, así como las técnicas quirúrgicas dominadas. También afecta su angioarquitectura, topografía y tamaño.